Hal lain yang berbeda pada penyelenggaraan KSM tahun ini adalah setiap materi yang dilombakan diberikan juga materi agama Islam, sehingga setiap siswa tidak saja menjawab soal-soal sains tetapi juga soal-soal agama Islam. Hal ini bertujuan agar setiap siswa tidak saja paham ilmu pengetahuan dan teknologi, mereka juga harus paham dan menguasi ilmu agama Islam.
Untuk mengoptimalkan penyelenggaraan kegiatan Kompetisi Sains Madrasah Tahun 2016 maka pihak panitia telah menyusun Petunjuk Teknis Kompetisi Sains Madrasah Tahun 2016 sebagai acuan umum dalam penyelenggaraan kompetisi tersebut.